Phần mềm BMS là một phần không thể thiếu trong hệ thống BMS, cùng với các bộ điều khiển, các cảm biến và chấp hành. Với mỗi hãng, kiến trúc phần mềm sẽ được xây dựng khác nhau theo tư duy phát triển hệ thống của riêng họ. Tuy nhiên, một phần mềm BMS bao giờ cũng bao gồm các mô đun sau:
1. Các mô đun giao tiếp:
Hệ thống BMS được sinh ra để kết nối hầu hết các hệ thống trong tòa nhà. Mỗi hệ thống có chuẩn giao thức riêng như BACnet, Modbus, OPC... Do vậy, hệ thống BMS phải có khả năng giao tiếp được thông qua tất cả các chuẩn giao thức này và mô đun giao tiếp giúp thực hiện chức năng này. Thông thường các hãng hay gọi các mô đun giao tiếp của các chuẩn là "driver", cũng giống như một máy tính PC thì cần các driver để kết nối các thiết bị ngoại vi như chuột, bàn phím, màn hình, card đồ họa...
2. Mô đun cơ sở dữ liệu:
Hệ thống BMS được cấu hình vô cùng phức tạp, do đó, nó phải có một cơ sở dữ liệu được xây dựng riêng để quản lý cấu hình hệ thống. Tuy nhiên, sẽ rất khó cho các kỹ sư tự động hóa, nếu phải thao tác trực tiếp lên các cơ sở dữ liệu đó (SQL, MySQL...) và cũng sẽ rất dễ gây ra lỗi hệ thống. Do vậy, hệ thống BMS phải cung cấp một phần mềm cấu hình cho hệ thống.
3. Mô đun lưu giữ lịch sử:
Dữ liệu lịch sử thường được lưu trữ phục vụ việc phân tích đánh giá hệ thống. Mô đun này có thể được tích hợp trên cùng một server hoặc có thể tách riêng ra một server phục vụ riêng việc lưu trữ.
4. Mô đun giao diện:
Để vận hành hệ thống BMS, không thể thiếu giao diện vận hành. Các giao diện thường được xây dựng bởi các công cụ tạo đồ họa thiết kế riêng cho phần mềm. Hiện nay, các giao diện thường hỗ trợ HTML5 và JAVA để có thể chạy được trên nhiều nền Web và nhiều hệ điều hành khác nhau.
5. Mô đun run-time:

